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Selon l’avis de plusieurs experts, l’instabilité politique de la Guinée-Bissau vient à partir de son régime ou plutôt de son système de gouvernance à savoir le semi-présidentialisme. Avec l’avènement du multipartisme, la Guinée-Bissau dispose d’un système politique hybride ou « semi-présidentiel », avec un Président et un Premier ministre. En vertu de la constitution, le Président dispose de pouvoirs étendus, notamment la capacité de nommer et de renvoyer le Premier ministre, le chef des forces armées, le garde des sceaux et d’autres ministres. Le Président peut également créer de nouveaux ministères et bureaux publics, faire prêter serment aux magistrats, adopter des décrets et promulguer des lois.
Malgré les pouvoirs suscités, le Président en Guinée-Bissau joue un rôle plus honorifique qu’administratif. La majeure partie des pouvoirs reviennent au Premier ministre. Ainsi même tous les deux appartenant au PAIGC, le Président Malam Bacai Sanha et Carlos Domingos Gomes avaient des divergences sur les tous les points. Le Premier ministre défiait publiquement le Président sur plusieurs dossiers d’intérêt national. Une dualité civil/ militaire avec prépondérance de fait des militaires affectera le système de gouvernance malgré les réformes ayant introduit le multipartisme et les références à l’État de droit.
Cette bipolarité de l’Exécutif est le second facteur structurel de crise dans un État Bissau Guinéen continuellement secoué par les luttes de leadership au sein du PAIGC. Les rivalités entre le Président Sanha et son Premier Ministre Carlos Gomez Junior attestent de la permanence de ce problème.
L’organisation du pouvoir d’État est par ailleurs restée largement tributaire du système inauguré par le PAIGC en 1974. Le pouvoir exécutif est dirigé par un premier ministre issu de la majorité parlementaire en même temps qu’un président de la république est élu au suffrage universel direct. Ces guerres intestines constituent les points saillants de l’instabilité démocratique en Guinée-Bissau.
Source : La stabilité démocratique : une solution à la consolidation de la paix ?, Le système de gouvernance…cause d’instabilité démocratique !, Pages 214-215, 2015